فعمل أمير المؤمنين بوصيتها، و لم يعلم بها أحدا و أصبح الناس في البقيع ليلة دفن فاطمة (عليها السلام) [و فيه] أربعون قبرا جددا و إن المسلمين لما علموا بوفاة فاطمة و دفنها أتوا أمير المؤمنين (عليه السلام) يعزونه بها، فقالوا: يا أخا رسول الله أمرت بتجهيزها و حفر تربتها فقال أمير المؤمنين (عليه السلام) قد ووريت و لحقت بأبيها (صلى الله عليهما) فقالوا: إنا لله و إنا إليه راجعون تموت بنت محمد، و لم يخلف ولدا غيرها و لا يصلى عليها، إن هذا الشيء عظيم.
فقال (عليه السلام): حسبكم ما جئتم به على الله و رسوله من أهل بيته و لم أكن و الله أعصيها في وصيتها التي وصت بها أن لا يصلي عليها أحد منكم و ما بعد العهد غدر.
فنفض القوم أثوابهم و قالوا: لا بد من الصلاة على بنت نبينا و مضوا من فورهم إلى البقيع فوجدوا فيه أربعين قبرا جددا، فاستشكل عليهم قبرها بين تلك القبور فضج الناس، و لام بعضهم بعضا، و قالوا: لم تحضروا وفاة بنت نبيكم و لا الصلاة عليها و لا تعرفون قبرها فتزورونها.
فقال أبو بكر: آتوا نساء المسلمين من ينشر هذه القبور حتى تجدوا فاطمة (عليها السلام) فتصلوا عليها و يزار قبرها، فبلغ ذلك أمير المؤمنين (عليه السلام) فخرج من داره مغضبا و قد احمرت عيناه و دارت أوداجه و على يده قباه الأصفر الذي لم يكن يلبسه إلا في كريهة، يتوكأ على سيفه ذي الفقار، حتى ورد على البقيع فسبق إلى الناس النذير فقال لهم: هذا علي قد أقبل كما ترون يقسم بالله لئن بحث من هذه القبور حجر واحد لأضعن سيفي على غابر الأمة، فولى القوم و لم يحدثوا إحداثا.( الهداية الكبرى ؛ ص179-١٨٠)
عيون المعجزات ؛ ص55
و روي ان فاطمة (ع) توفيت و لها ثماني عشرة سنة و شهران، و اقامت بعد النبي (ص) خمسة و سبعين يوما، و روي اربعين يوما، و تولى غسلها و تكفينها امير المؤمنين (ع) و اخرجها و معه الحسن و الحسين (ع) في الليل، و صلوا عليها و لم يعلم بها احد، و دفنها في البقيع و جدد اربعين قبرا، فاشتكل على الناس قبرها
دلائل الإمامة (ط - الحديثة) ؛ ص136
فغسلها أمير المؤمنين (عليه السلام)، و لم يحضرها غيره، و الحسن، و الحسين، و زينب، و أم كلثوم، و فضة جاريتها، و أسماء بنت عميس، و أخرجها إلى البقيع في الليل، و معه الحسن و الحسين، و صلى عليها، و لم يعلم بها، و لا حضر وفاتها، و لا صلى عليها أحد من سائر الناس غيرهم، و دفنها في الروضة، و عفى موضع قبرها، و أصبح البقيع ليلة دفنت و فيه أربعون قبرا جددا؟
و إن المسلمين لما علموا وفاتها جاءوا إلى البقيع، فوجدوا فيه أربعين قبرا، فأشكل عليهم قبرها من سائر القبور، فضج الناس و لام بعضهم بعضا، و قالوا: لم يخلف نبيكم فيكم إلا بنتا واحدة، تموت و تدفن و لم تحضروا وفاتها و لا دفنها و لا الصلاة عليها! بل و لم تعرفوا قبرها!
فقال ولاة الأمر منهم: هاتوا من نساء المسلمين من ينبش هذه القبور حتى نجدها فنصلي عليها و نزور قبرها
مناقب آل أبي طالب عليهم السلام (لابن شهرآشوب) ؛ ج3 ؛ ص363
الأصبغ بن نباتة أنه سئل أمير المؤمنين عن دفنها ليلا فقال إنها كانت ساخطة على قوم كرهت حضورهم جنازتها و حرام على من يتولاهم أن يصلي على أحد من ولدها و روي أنه سوى قبرها مع الأرض مستويا و قالوا سوى حواليها قبورا مزورة مقدار سبعة حتى لا يعرف قبرها و روي أنه رش أربعين قبرا حتى لا يبين قبرها من غيره فيصلوا عليها.